交通局は令和8(2026)年3月18日、路線改編の告知に次いで各系統の4月1日のダイヤ改正を告知した。全体としてははとバス委託系統から直営に移管して直営の負担が増えた分、各系統で減組(減運用)として直営の負担を増やさないようにしている。そのため、全体としてははと委託系統の減った運用分だけ総規模はマイナスになっている。なお、先行して実施された渋谷管内はこちらの記事を参照。
ただし、直営への移管や一部区間の減便で回送距離が減り、組数が減っても主要区間の本数が維持されるケースもあり、なるべく大きく利便性を落とさないように設定されているが、系統によっては減便幅が大きいものも。[CH01](新宿駅西口～都庁循環)は平日朝夕のみとなり、朝は3台使用・4分間隔程度だったのが1台使用・15分間隔程度と大きく減少する。また、[葛西21]はダイヤ構成が変わり、早朝深夜以外は全便葛西臨海公園駅発着となり利便性がアップする。[臨海22](船堀駅～臨海車庫)・[田99出入](品川駅港南口～港南四丁目)は出入系統のため、出入として使う運用が減り大幅減便。
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大まかな分類としては以下のようになっている。
減組・減便

• [CH01](新宿駅西口～都庁循環)
• [都04](東京駅南口～豊海水産埠頭)
• [都05-1](東京駅南口～晴海埠頭)
• [錦13](錦糸町駅～晴海埠頭・深川車庫)
• [里22](日暮里駅～亀戸駅)
• [草43](浅草～千住車庫・足立区役所)
• [品91](品川駅港南口～八潮パークタウン)
• [反96](五反田駅～六本木ヒルズ)

減組・本数維持～微減

• [市01](新橋駅～豊洲市場)
• [海01](門前仲町～東京テレポート駅)
• [錦11](錦糸町駅・亀戸駅～築地駅
• [陽12](東陽町駅～昭和豊洲病院 ※[陽12-3]休止、豊洲駅発着を新たに新設
• [東22](東京駅北口～錦糸町駅)
• [草24](浅草寿町～東大島駅 ※日中は亀戸駅発着に短縮
• [錦27](小岩駅～両国駅) ※[錦27-3]休止
• [東43](東京駅北口～荒川土手)
• [里48](日暮里駅～見沼代・加賀団地)
• [飯62][橋63](小滝橋車庫～都営飯田橋駅・新橋駅)
• [池86](サンシャインシティ～渋谷駅東口)
• [渋88](渋谷駅～神谷町駅～新橋駅北口)