令和3(2021)年9月5日(日)、パラリンピック東京大会におけるマラソンが早朝に開催され、関係各系統で迂回・途中止まりが設定された。コースは2019年に開催されたMGCとほぼ同じで、オリンピックは真夏の猛暑を考慮して札幌開催となったため、このルートで走ったのはパラリンピックのみとなった。交通規制図は以下の通り。

▲交通規制図
　都営バスでもこれに対応して、運行時間帯中は大規模な運行の見直しが行われる。途中折り返しが多く設定され、新宿駅や銀座～浅草の隅田川沿いでは多くの都営バスの運行が休止される。
　MGCと異なるのは、東京女子医大近辺の規制系統[白61][高71][早81]などとなる。また、閉会式の規制が同日長期間にわたって設定されることもあり、[橋63](新橋駅)・[早81](渋谷駅)・[品97](新宿駅西口)などは終日カッコ内の駅側は運休となっている。

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青山地域

[黒77] [品97]

系統	元の運行区間	変更内容
黒77	目黒駅～千駄ヶ谷駅	元から目黒駅～神宮前二丁目で折り返し運転中のため変更なし。
早81	早大正門～渋谷駅東口	始発～10:45の間、早大正門～東京女子医大で折返し運転。なお、これ以降も閉会式規制で早大正門～四谷四丁目折り返しとなる。
品97	品川駅高輪口～新宿駅西口	始発～10:40の間、品川駅高輪口～青山一丁目で折り返し運転を行う。 青山一丁目の降車・乗車停留所は本線とは異なり、乗車は青山通り上からとなる。 これ以降もほぼ終日にわたって品川駅高輪口～西麻布で折り返し運転となる。

新宿地域(8:20～12:30頃）

系統	元の運行区間	変更内容
白61	新宿駅西口～練馬車庫・練馬駅	始発～10:40の間、山吹町～新宿駅西口を運休、練馬車庫・練馬駅～山吹町での折り返し運転。
飯62・橋63	小滝橋車庫～都営飯田橋駅・新橋駅	始発～10:25頃の間、国立国際医療研究センターから都心寄りを運休し、いずれも小滝橋車庫～国立国際医療研究センターで折り返す。 医療センター先の大久保通り上でUターン。 なお、これ以降も閉会式の規制で医療センター折り返しはほぼ終日継続となる。
飯64	小滝橋車庫～九段下	始発～10:25の間、小滝橋車庫～東五軒町で折り返し運転。大曲で道路を使って折り返し。
高71	高田馬場駅～九段下	始発～10:35の間、高田馬場駅～東新宿駅で折返し運転。
宿75	新宿駅西口～東京女子医大～三宅坂	始発～10:35の間、市谷仲之町交差点～四谷二丁目は迂回運転を行うため、合羽坂下・三栄町が休止となる。

▲[白61]

▲[高71][早81] (とこむぎ)

日比谷・高輪地域

系統	元の運行区間	変更内容
都01	渋谷駅～六本木駅～新橋駅	始発～9:30の間、渋谷駅～溜池で折返し運転を行う。渋谷駅～赤坂アークヒルズ・六本木ヒルズには変更なし。
都06	渋谷駅～赤羽橋駅～新橋駅	始発～9:30の間、渋谷駅～赤羽橋駅で折返し運転を行う。定期の赤羽橋駅止まりと同様。
橋86	目黒駅～東京タワー	始発～9:25の間、神谷町駅～東京タワーで迂回運転を行うため、御成門が休止となる。代替として御成門小学校に停車する。
渋88	渋谷駅～神谷町駅～新橋駅	始発～9:30の間、渋谷駅→虎ノ門、虎ノ門三丁目→渋谷駅で折返し運転を行う。
浜95	品川駅港南口～東京タワー	始発～9:25の間、品川駅港南口～大門駅で折返し運転を行う。大門駅から新橋駅で回送して折り返す模様。

日本橋・神田地域

系統	元の運行区間	変更内容
S-1	東京駅北口・上野松坂屋～錦糸町駅	東京駅9:10発は全区間運休。
東43	東京駅北口～荒川土手	始発～10:15の間、荒川土手→御茶ノ水駅、本郷二丁目→荒川土手で折り返し運転を行う。駒込病院発着は通常通り。

▲[東43]

浅草地域(9:00～10:45頃）

系統	元の運行区間	変更内容
都02	大塚駅～錦糸町駅	始発～8:45の間、錦糸町駅～寿三丁目(臨時)、錦糸町駅～本所一丁目での分断運行となる。 寿三丁目は国際通りの蔵前寄りで路上転回。
上23・草39	上野松坂屋～平井駅 浅草寿町～金町駅	始発～8:45の間、平井駅・金町駅～浅草雷門(臨時)に短縮する。上野松坂屋側の運転はない。 松屋東側の[草64]の東武浅草駅で降車、松屋西側の[東42-1]の東武浅草駅で乗車となる。また、浅草寿町は浅草寿町交差点南の臨時停留所で降車となる。
東42-1	東京駅八重洲口～南千住車庫・南千住駅西口/td>	なお、始発～8:45は、東武浅草駅停留所は松屋(東側)の[草64]の停留所に発着して折り返し、隅田公園→花川戸→東武浅草駅(草64)→二天門(臨時)→隅田公園となる。 8:45～9:50は、通常通り[東42-1]の停留所に発着する。隅田公園→花川戸→東武浅草駅(東42-1)→花川戸→隅田公園となる。
東42-3	南千住車庫～浅草雷門	9:00～10:45の間、南千住車庫～東武浅草駅で折返し運転を行う。折り返し方法は[東42甲]と同じ。
草63	池袋駅東口～巣鴨駅～浅草雷門	始発～8:45の間、池袋駅東口→浅草寿町、浅草一丁目→池袋駅東口で折返し運転を行い、浅草雷門・雷門一丁目停留所は休止となる。
草64	池袋駅東口～王子駅～浅草雷門/td>	始発～8:45の間、池袋駅東口～二天門で折返し運転を行い、浅草松屋・浅草雷門・浅草雷門南停留所は休止となる。 なお、二天門の池袋方面始発停留所については、浅草雷門行きの停留所から発車となる。

深川地域

系統	元の運行区間	変更内容
錦11	亀戸駅・錦糸町駅～築地駅	始発～9:05の間、亀戸駅・錦糸町駅→森下駅、新大橋→錦糸町駅で折り返し運転を行う。
東20・22	東京駅北口～錦糸町駅	始発～9:40の間、錦糸町駅～門前仲町で折り返し運転を行う。
草24	浅草寿町～東大島駅	始発～8:45の間、東駒形一丁目～東大島駅で折返し運転を行う。東駒形一丁目は臨時停留所となる。
秋26	秋葉原駅～葛西駅	始発～10:25の間、清澄白河駅～葛西駅で折り返し運転を行う。

▲[秋26][錦11] (はとむぎ)

銀座・八重洲地域

系統	元の運行区間	変更内容
都03	四谷駅～晴海埠頭	始発～9:25、全区間で運休。
都04・都05	東京駅南口～豊海水産埠頭・ 晴海埠頭・ビッグサイト	始発～9:35の間、都心部の終点が築地となり、築地～東京駅南口は全て休止となる。
業10	新橋～とうきょうスカイツリー駅	橋津～9:35の間、都心部の終点が築地、豊洲方面は築地六丁目始発となり、築地～新橋は全て休止となる。築地・築地三丁目からは豊洲方面の発車がないので注意。
東15	東京駅八重洲口～深川車庫	始発～9:40の間、新川二丁目～豊洲駅での折返し運転となる。
東16	東京駅八重洲口～東京ビッグサイト・深川車庫	始発～9:40の間、住友ツインビル→ビッグサイト方面・ビッグサイト方面→新川二丁目で折り返し運転となる。

▲[都05-1][業10]