都知事は平成28年3月30日、来年度の東京マラソン2017から都心部のルートを大幅に変更する見込みであることを定例記者会見で明らかにした。狙いとしてはゴール地点をより賑やかで東京のシンボルと言える東京駅丸の内口の駅舎を背景に、行幸通りでゴールとする見込み。マラソンの公式サイトには新しいルートが公表されている。
　大まかな変更ポイントとしては、午前の市ヶ谷から先が飯田橋・靖国通り・須田町を経由する点、都心から品川駅への往復が最後に回された点、新たに蔵前橋～清澄通り～門前仲町付近の往復が設定された点、銀座から湾岸部が全てカットされた点が挙げられる。
　これにより、バスの迂回も大きな影響の変化がありそうだ。朝の新宿区近辺や浅草の迂回状況は変わらないものの、深川管内の規制がほぼ解消して[国展04](ビッグサイト→品川駅港南口)が見納めとなること、また日比谷～品川の規制が昼過ぎに終わっていたのが夕方前まで続くこと、新たに門前仲町・清澄通り近辺で規制が挙げられる。
　新たに規制が生じる系統としては、[門33](豊海水産埠頭～亀戸駅)、[東43](東京駅北口～荒川土手)が挙げられる。前者は分断運転になるか、後者は御茶ノ水駅で折り返すか要注目。門前仲町付近の規制は富岡八幡宮例大祭の規制と同じく、門前仲町側は清澄通り上に臨時停留所を設けてそこで終点とする可能性が高そうだ。
　

▲新ルート案(東京マラソン2017の公式サイトより)

新たに規制発生
[都07](木場駅～錦糸町駅?)
[門21](木場駅～東大島駅?)
[錦27][両28](緑三丁目付近?～両国駅・小岩駅)
[門33](豊海水産埠頭～門前仲町と本所一丁目付近?～亀戸駅の分断)
[東43](御茶ノ水駅付近?～荒川土手)

ほぼ変化なし
[S-1] [都02] [上23] [草39] [東42甲乙] [白61] [飯62] [橋63](医療センター) [草63] [草64] [飯64] [高71] [宿74] [宿75] [早77] [王78] [池86] [宿91] [品97]

規制時間が長くなる
[都01] [都06] [橋63](霞が関) [橋86] [田87] [渋88] [浜95] [反96]

規制区間に変化
[都03][都04][都05](銀座or築地～勝どき方面)
[業10](ほぼ全区間規制なし。新橋駅～築地を迂回?)
[錦11](菊川駅付近?～亀戸駅)
[東15][東16](新川二丁目～深川車庫・ビッグサイト方面、豊洲側は通常通り)
[東20][東22](木場駅～錦糸町駅?)
[草24](本所三丁目付近?～東大島駅)
[秋26](白河付近?～葛西駅)
[急行06](門前仲町付近?～日本科学未来館)

ほぼ消滅
[海01] [急行05] [錦13] [門19]