令和3(2021)年6月1日より、[都05-1](東京駅南口～晴海埠頭)・[都05-2](東京駅南口～東京ビッグサイト)・[深夜13](東京駅南口～有明一丁目)・[都04](東京駅南口～豊海水産埠頭)のダイヤ改正が行われる。
東京2020大会の規制による経路変更や終点の変更の影響によるもので、変更の詳細は東京2020大会の規制による経路変更・以前のニュースも参照。
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▲掲出の新時刻表[シャトルみた]

東京駅南口～数寄屋橋は日比谷経由に大回りとなるため、東京駅発着の[都04][都05-1][都05-2][深夜13]は所要時間が増加する。[都05-1]はホテルマリナーズコート東京発着になり本数が多少の減、また[都05-2]は増便となる。所要時間増を考えると全体としても組数は増となるのだろう。
[都03](四谷駅～晴海埠頭)・[錦13](錦糸町駅～晴海埠頭)については本数・始発の発車時刻は変更なく、ダイヤの修正があるのみ。