令和3(2021)年5月24日より、政府が東京・大手町に開設した新型コロナウィルスワクチンの大規模接種会場への交通アクセスとして、シャトルバスの運行が開始された。東京駅丸の内南口のはとバス乗り場から大手町の合同庁舎3号館を結ぶもので、運行時間は10分程度、東京駅発は7:45～20:00頃で初日は約6分間隔で運転された。65歳以上の高齢者とその付き添いを対象するもので、運賃は無料。
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運行ははとバスに委託され、実際の運行ははとバス(観光車タイプ)と都営バス(路線車タイプ)が担うこととなった。バリアフリーを考慮してか、はとバス・都営バスが交互に発車する形となっている。号車札は奇数がはとバス、偶数が都営バスとなり、いずれも16運用ずつ、計32運用で運転された。なお、実際は1台で2運用こなした車もいるため実際はそれより少ない。東京駅の丸の内南口から乗り場まで、はとバスガイドを誘導スタッフとして配置。特にツアーをほとんど開催できていないはとバスにとっては貴重なバス仕事と言える。
東京駅からは馬場先門から神田橋を経由して終点へ。大手町側は(旧)気象庁前付近の路上に降り場・乗り場を設置、そこから合同庁舎へと誘導されていく。
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都営バスではビッグサイトの催事や区のイベントや学校行事等が中止されていく中で、久々の特輸となった。有明を除く直営の各営業所・支所から1運用(品川・巣鴨・南千住は2運用)ずつが運行され、8台(48分)で一周する運用。時間帯ごとに休憩で車が入れ替わっていった。
初日の5月24日は江戸川から燃料電池、巣鴨からは配置されたばかりの新車となるG810がさっそく登板。北は古参のN代車を出すなど、バラエティ豊かな配車となっていた。大規模接種会場は8月23日までの開設予定で、バスは期間中毎日運行となっている。
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6月2日頃から利用客の増加に伴い、はとバスの臨時便が入り始め、6/9のダイヤ改正で始発最終を除き全て4分間隔、都営－はと－はと の1:2という設定になった。東京駅基準で
7:45～9:15 5-6分間隔
9:15～17:00 4分間隔
17:00～19:00 5-6分間隔
19:00～19:55 7-8分間隔
となっている。
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6月22日からは路線バスの扱いとなり、系統番号は[大01]になった。ただし、LED表示が「貸切」から「都営バス」に切り替えられ、専用表示は用意されていない。
またダイヤ改正され、本数は変わらないものの、始発～15時頃までは都営・はとバスに加え、日の丸自動車興業・富士急行観光・東京空港交通・みずほ観光バスの6者共同運行になった。
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7月日からは観光4社が入れ替わり、亜希プロ・丹沢交通・フジエクスプレス・共同観光バスとなっている。
.また、7月9日からは都営バスがメディアシャトルの運行に入り、都営の半分のダイヤが東急受け持ちとなった。都営・東急とも8運用となっている。昼間は都営－貸切他社－はと－東急－貸切他社－はと－の順の4分おきで、これで7事業者共同運行になった。これに伴い、メディアシャトルを運行する品川・渋谷・南千住・江戸川・深川や江東は撤退、小滝橋・早稲田・練馬・巣鴨・北・千住の6営業所で担当(巣鴨・北は2運用ずつ)となっている。
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▲無料送迎シャトルバスのお知らせ(東京都)

▲東京駅丸の内南口の様子(s.n) 駅の出口から迷わないようになっている

▲東京駅丸の内南口の乗り場など。G810も登板[Y]

▲大手町会場側[東総]

▲運賃箱のないG代も積極的にワクチンシャトルの運用に入るように。早稲田・練馬・巣鴨・南千住などで見られる

▲はとバスはハイブリッド車を主に登用。江戸川からは燃料電池バスも

▲6月よりはとバスの運用が増加、4分間隔に

▲7月に入り、はとバスの増運用が都内観光4社に入れ替わり。

▲東急バスも運用に入るように。

初日の都バスの配車は以下の通り。
2…EA590
4…VE123
6…NN282
8…FF578
10…HB748
12…AV325
14…PG810
16…KN335
18…BP502
20…TE520
22…SV301
24…LW436
26…HB748
28…AZ540
30…PG810
32…KN337/335?