平成12年12月の大江戸線改編により全交換された。六本木駅・赤羽橋駅等の停留所改称や、[急行01]などの改編後の系統に対応したものになった。幕順は以前のものを踏襲しつつ、使わなくなったものについては上に詰めていき、一部の車だけ載せていた [都06]を最後に付け足している。そのため、都市新バス関連のコマ数のほうが多くなった。新たに開通した[急行01]は[都01]の間に組み込まれた。臨時系統については、[臨04]は消滅、晴海関係は[晴04]のみ残った。
・09は停留所改称により行き先が変わった。ただし、実際に使ったことはほぼないと思われる。
・11,12の途中経由地はなぜか「六本木」のままで、改称したのに駅をつけ忘れている。
・18は[都01]の本線。以前は2コマあったのが、新型バス接近案内に更新した際に2コマ持つ必要がなくなり1コマのみとなった。なお、[都01]は全て「六本木駅」と正しく修正されている。
・19,20は標準的な急行バスの書式。側面の下段には橙地黒字で「これ以外の停留所は通過いたします」の文字がある。
・22,23は赤坂アークヒルズ折返がほとんどになったため、使われる機会はほとんどなくなった。
・24,25は平日朝ラッシュ時に使われるのは変わりないが、南青山七丁目発の25が新たに作成された。実際は、次の南青山六丁目から営業を行い、経路は[渋88]相当と言えるが[都01]表示である。
・26,27は[四80](四谷駅～赤坂アークヒルズ)の廃止により、新たに赤坂アークヒルズ構内で折り返す運用が誕生したことによるもの。
・30～32はほとんど変更されていない。停留所名も本当は「六本木駅」とするところだが、「六本木」のままである。この時点で既に新橋駅北口発着に短縮されているが、行き先表示は新橋駅のままである。
・33,34は本格的に目黒と共管になった[都06]の本線。目黒とは異なり、こちらは前面に途中経由地「赤羽橋駅」の文字がない。
・39,40は渋谷車庫からの直接出庫用として作られたものだろうが、実際は目黒時代の運用を引き継ぎ、天現寺橋まで回送してから営業しているため、使われたことはない。