平成16年4月の[都01]担当開始と[宿74][宿75]の系統番号整理で41～63が追加されたた。
・平成16年4月に抜弁天経由は全て[宿75]と整理されたことにより、41～46が追加された。
・45,46は全面的に作り直され、「四谷駅前」が側面に入った。
・48は出庫で早朝のみ、49は入庫で夜間のみ運行する。本線は早稲田の所管だが、この時だけ新宿の車も[池86]表示で走行する。
・48は全ての面に橙字で（西口止まり）の注記がある。通常であれば西口からそのまま東口・新宿方面に乗り通せるための注意であろう。
・49は前面だけ見ると早稲田と同じだが、渋谷側からの伊勢丹止まりは新宿車だけである。なお、早稲田と同じく（新宿追分）の副名称がある。
・50～65, 68, 69は渋谷と内容が共通である。
・50, 53は車庫への出入庫。運用途中の休憩は渋谷車庫で行うため、渋谷車と同じ表示が用意されていた。
・54, 55はわずかに定期運用はあったが出番はほとんどなく、マラソン等の交通規制時に使われるのみとなっていた。
・56, 57は平日朝ラッシュ時だけ運行される折り返し。57は次の南青山六丁目から営業を行い、経路は[渋88]相当と言えるが[都01]表示である。
・58, 59は比較的多く運転される折り返し系統。
・61だが、渋谷は青地なのに対して緑地になっている。仕様を揃えているはずだが面白い。
・62,63は渋谷が「急行」なのに対して新宿は「直行」となっており、さらに渋谷は停留所間が「－」だったのが新宿では正しく「←」になっている。また、英字もRAPID BUS ではなく、DIRECT BUS と名乗っている。ただし新宿車が運用される機会は基本的になかった。