幕 深夜01 H12～(渋谷)
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幕 深夜07 H25～(品川)
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幕 深夜02,11 H20～(北)
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幕 深夜03 H16～(江戸川)
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幕 深夜10 H16～(江戸川)
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前面
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①② [深夜01]。深夜バスは方向幕と同じく、系統番号がフクロウマークとなるため、系統番号は出てこない。側面・背面にも気合でフクロウのようなイラストが16ドット程度で表現されている。「MN25」は都営バスの深夜バスの愛称、ミッドナイト25のこと。[深夜01]は[都01]と全く同じで、新橋駅側が北口発着となっている。方向幕は未だに「六本木」で駅がついていないが、LEDは六本木駅となっている。
③④ [深夜02]は、[王57]の区間運転と基本的に同じである。幕は「王子駅前」となっているが、LEDは正しく「前」が抜かれている。なお、１本だけ池袋駅東口→豊島五丁目団地の深夜バスが存在するが、表示は③と共通。
⑤⑥ [深夜03]は[西葛20甲]の末端部分だけ変わったもの。なぎさNT・コーシャハイムの双方を回る。末端部はループ状になっているが、一旦コーシャハイムで運転を打ち切り、折り返し⑥となる。駅行きも運転されているのが特徴。
⑦⑧ [深夜07]は[品91]の深夜バス。本線とは異なり、西口（高輪口）に発着している。かつて、港南口側は深夜ともなれば荒涼として歩く人も少なかった時代の名残だろう。[品91]とは異なり、天王洲橋経由を名乗っている。深夜バスの方向幕は全て黒地に黄色字なのだが、平成20年の幕交換のとき、これだけ指定ミスで通常系統と同じデザインになってしまった。
⑨ 最終便だけこの表示になる。入庫用で、[井92]も参照のこと。かつては八潮パークタウン表記で兼ねて八潮公園まで運転して終了となっていたが、専用の表示が与えられた。
⑩⑪ [深夜10]は[西葛27]の深夜バス。循環と書いてあるが、基本的には臨海町二丁目団地で一旦運転が打ち切りになる。
⑫ [深夜11]。[王55]と同じ経路で、新田一丁目の手前で終点となり、そのまま回送で環七・北本通り経由で王子駅まで戻って再び王子駅発の運行を行う。近年久しぶりに開通した新たな深夜バスである。深夜バスの系統枠は一般系統よりも微妙に広いため、行き先５文字が最大サイズで入らなかったのか、一回り小さくなっている。
⑬ [深夜01]の途中折り返し。かつては定期運行が存在したが、現在は廃止されているため、表示だけ残っている状態となっている。
⑭ [深夜07]についても、平成22年4月から品川駅の表記が変更になった。
⑮ 平成25年4月より品川駅高輪口への改称により変更された。
⑯⑰ 平成25年～26年に試験運行された[深夜01]の終夜バス。渋谷駅～六本木駅で運転され、普段は存在しない運転区間のため専用表示となった。