平成12年12月の大江戸線改編と同時に再作成された。路線変更は少ないが、移管や停留所名の改称もあったため全交換されている。側面の途中停留所の表記が見直され、全体的に停留所の数が多くなっているのが特徴である。
幕順は基本的に従来のものを踏襲しつつ、使わないものについては削除・整理された。晴海系統はこの時点で完全に削除されており、他車庫を見渡しても最速での削除である。
大江戸線改編に対応した幕ではあるが、作業の都合上改編の数日前から使われていたため、混在期の扱いをスムースにするためか、[門33][都04][東22]の主要部分は改編前と同じ番号になっている。
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・平成13年7月の[東20]開通に伴い、46～49が追加された。解説・劇場バスが最上部から34に移動した。代わりに貸切が05に移動しているが、競艇バスは途中で待つ乗客に一般系統と区別させるため競艇場発車後に「貸切」に表示を変える場合があり、できるだけ回転コマ数を少なくするために移動してきたのだろう。
・[門33]の主要コマの位置を同じにするため、回送車を15に、豊海→門前仲町を06に移し、改編前から常用していた07～11, 16～24は同じ位置になっている。また、途中停留所の数が増え、月島駅が途中経由地に入るようになった。
・10, 11はこの改編で廃止されたが、混在期を考慮して新しい幕にも入っていた。
・09～11, 13, 14は側面の途中経由地に「清澄白河駅」があるが、当初の幕では「清澄白川駅」と誤植していた。平成13年に入ってからこっそりと修正されたが、もう使われることのない10, 11も修正されていた。
・22～24は側面に新たに「住吉駅」が追加され、25～27は[亀21]移管により再び追加された。[亀21]は深川の仕様を引き継ぎ、ここだけ背面が行き先だけの表記になっている。
・28, 29には「住吉駅」・「菊川駅」が、30, 31には「菊川駅」がそれぞれ側面に追加された。また、30, 31は使用実績ゼロながら新幕にも残った。
・32, 33は改編により江東に移管されたため表示が復活した。IBM 箱崎ビル行きが２通りあった以前の名残で、前面には32に（茅場町回り）、33に（水天宮回り）の表示が残っている。
・43, 44は側面に「入谷鬼子母神（入谷駅）」が追加されたため、共管の大塚と表示に差が出た。
・46～49は京都市バス(旧)のような紫地幕で、都営バスでは初の採用となった。