平成12年12月の大江戸線改編により、[黒10]が廃止、[橋86]が短縮されたほか、停留所名も変更が多かったため方向幕は全交換された。背面が行き先だけになったのも特徴である。その際に、使わなくなったコマについては削除され、 [晴04]以外の晴海系統と[臨04]についても抹消された。側面経由地についても全面的に見直され、[品99]については往復で2コマ使う方式に変更された。そこから平成17年3月の目黒閉所まで使われた方向幕である。
このバージョンは平成16年4月に[品99折返]の入管返しができて42, 43を変更した最終バージョンのもの。

・[都06]の赤羽橋駅発は用意されなかったが、共管の渋谷と比べると「麻布十番駅」が入っている。08は深夜前バス専用。
・深夜関係は前面・側面ともローマ字つきのデザインに変更された。
・14はマラソン等の道路規制用として新たに用意されたが、現場待機で済むことも多く、実際にはほとんど使われることはなかった。
・15, 16は千駄ヶ谷駅の表記に（国立競技場駅）の副名称がついた。
・17～19については東京駅の表記が「東京駅丸ノ内南口」と正式表記になり、側面の「都立大学」も都立大学駅北口に直された。「丸の内」はカタカナの「ノ」になっている。
・21はマラソン時の日比谷通り規制時に見ることができたが、この幕を作ってわずか2ヶ月後には停留所が「経済産業省」に改称されてしまったため、やや残念な出来になってしまい、最後まで表示が交換されることはなかった。共同運行のお相手の東急は後から臨時の経済産業省行きの表示を作ったため、都営と東急とで行先表示が違っていた
・33, 34は以前と見比べると側面に「東京港湾合同庁舎」が追加されている。ただし、なぜか36には追加されていない。
・37は平成14年10月の改正で、[虹01]の一部出庫便を営業するようになったため使われるようになった。
・40は前面が2段で品川埠頭（循環）となり、途中で41に切り替わるようになった。なお、側面の内容は共通である。
・43は入管から品川埠頭を回らずにそのまま品川駅東口に帰る便で、前面下だけではなく、側面にも「SHINAGAWA STA.(Short cut route)」という英字がある。このような表記は初めてだろう。
・42, 43が追加された時点で[虹02]は廃止されていたため、切り落とされても問題はないはずであったが、運が良かったのか切り落とされずに済んだ。